MiniOpticon应用了在Opticon2系统上广泛使用的激发和检测技术，48个独立的LED(发光二极管)阵列作为激发光源，顺序检测样品。每个LED的光束对准一个样品孔，保证最小的信号交叉和光的散射。LED每次点亮一次(48个样品，2色荧光检测，检测一次用时9秒)。顺序检测也能减少信号交叉。LED光源寿命长，无需特别的维护。被激发出的发射波长信号进入2个带滤光片的光敏二极管检测。
整机在工作时没有运动的部件，保证定量检测和无需凝胶分析的可靠性。
