此时，以将两种DNA结构部分热溶解的温度进行分析，实现最佳分离，下左图表示变异型结合体(280bp)分析结果，柱温从61度到63度分析，并检出变异型螺旋体和原型螺旋体(如左图中箭头所示)。另一方面，原型结合体没有形成变异型螺旋体，即使温度由61度变为63度，也只能检测出一个峰。
